La responsabilité de veiller à ce que les financements nécessaires soient en place pour faire face au coût d’un Programme IISF incombe à l’Administration Fiscale d’Accueil. Les Administrations Fiscales d’Accueil peuvent faire appel à leurs fonds propres ou à leur réseau de donneurs pour financer le coût d'un programme IISF. C’est un moyen de faire en sorte qu’elles s’attachent durablement et au plus haut niveau à veiller à ce que les objectifs de la mission soient atteints. Le Secrétariat IISF est également en mesure d’aider à mettre en place le financement de tout ou partie d’un Programme IISF en faisant appel à son réseau d'Administrations Partenaires et de Donneurs. 

L’Administration Fiscale d’Accueil doit tout mettre en œuvre pour déterminer si d’autres organismes publics (le ministère des Finances, par exemple) ou des partenaires donneurs avec lesquels elle travaille déjà peuvent financer une partie ou la totalité du programme IISF proposé.

Les coûts relatifs doivent être considérés en tenant compte des effets escomptés du programme IISF. Il existe plusieurs formules de financement pour les programmes IISF :

• Autofinancement: le coût du programme IISF est intégralement supporté par l’Administration Fiscale d’Accueil et/ou le gouvernement d'accueil.

• Financement par un Partenaire Donneur: l’Administration Fiscale d’Accueil assure un financement partiel (de base) pour le programme IISF, par exemple en prenant à sa charge les frais de déplacement et les dépenses journalières de l’Expert IISF. Un financement complémentaire, qui peut être apporté par un Partenaire Donneur, couvre le reste des frais du programme. Il arrive fréquemment que le Partenaire Donneur soit déjà mobilisé parce qu’il participe à un programme plus vaste d’aide au développement dont bénéficie l’Administration Fiscale d’Accueil (ou le ministère des Finances).

• Détachement parrainé: si l’Expert IISF est un agent des services fiscaux détaché par une Administration Fiscale Partenaire, le coût du programme IISF peut être assumé par cette dernière en tout ou partie. L’Administration Fiscale Partenaire peut par exemple continuer à supporter le coût de la rémunération de l’agent, et éventuellement couvrir ses dépenses journalières et ses frais de déplacement. Ces coûts peuvent aussi être pris en charge par l’Administration Fiscale d’Accueil ou un Partenaire Donneur. C’est parfois l’organisme d’aide au développement du pays plutôt que l’Administration Fiscale Partenaire qui prend en charge tout ou partie des coûts du Programme.
• Financement IISF: Si l’Expert IISF est un expert du secteur de l’industrie, un agent des services fiscaux à la retraite, un agent encore en activité ayant pris un congé sans solde d’un poste à temps complet, ou encore un expert IISF figurant sur la liste de réserve, le programme IISF sera financé sur un fonds IISF géré par le PNUD.